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重庆的淡水鱼鱼苗养殖，鱼对水体的依赖性很强。当水环境发生变化时，会严重影响鱼类的正常生长。水环境的污染会导致淡水鱼养殖中的多种疾病。由于淡水环境中容易出现微生物，这些微生物和病原体会引起疾病和感染。嗜水气单胞菌是淡水环境中微生物感染的主要成分。淡水鱼早期体表充血严重，逐渐延伸至口、肠等内脏。这种病原体的大规模感染降低了淡水鱼的活力。病情严重时，淡水鱼腹部肿胀，眼球开始突出，直至感染死亡。
人为的重庆鱼苗文化对淡水鱼养殖影响很大。在人工淡水鱼养殖方面，对鱼类的发病率进行了分析，主要从喂鱼和注水两个方面进行分析。
一般情况下，对于淡水鱼的投喂，饲料配比比较简单，投喂饲料系数比较高，使得淡水鱼的生长期比较长。这种方式会给淡水鱼养殖带来问题，同时降低经济效益。在过度集约化饲养过程中，鱼肝脏脂肪堆积过多，鱼在实际生长过程中的营养平衡会被破坏，自身抵抗力在疾病入侵过程中会严重降低。
近年来，随着淡水鱼养殖数量的增加，淡水环境的污染需要引起重视。淡水环境污染随处可见。在水质较差的背景下，淡水鱼养殖的严重疾病有可能蔓延。淡水养殖工人为了消灭水环境中的细菌，向水中投放大量药物，许多淡水鱼在水环境中出现严重的金属中毒和鱼肝组织坏死。
随着腐烂鱼类的逐渐增多，淡水环境遭到破坏，为重大疾病的传播埋下隐患。红头病、爆头病、鱼肠病是淡水鱼养殖中常见的疾病。水环境中的微生物密度随着水体的恶化而增加，鱼类体内的理化因子发生变化，导致鱼类免疫力下降。
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